昆明植物所等在蔷薇类系统发育基因组学研究中

作者: 科技中心  发布:2019-09-22

蔷薇类和菊类是真双子叶植物的两个主干分支,其中蔷薇类包括17个目,140个科,约70,000个物种,呈现了丰富的形态多样性,并具有重要的经济价值。近十几年以来,对叶绿体基因序列的分析支持蔷薇类分为豆类分支和锦葵类分支。其中,豆类分支包括固氮支系(由葫芦目Cucurbitales、壳斗目Fagales、豆目Fabales和蔷薇目Rosales组成),COM支系(卫矛目Celastrales、酢浆草目Oxalidales和金虎尾目Malpighiales),以及蒺藜目Zygophyllales;锦葵类分支包括十字花目Brassicales、锦葵目Malvales、无患子目Sapindales、燧体木目Crossosomatales、美洲苦木目Picramniales、十齿花目Huerteales、牻牛儿苗目Geraniales和桃金娘目Myrtales等8个目。然而,叶绿体基因是单亲遗传。因此,利用双亲遗传的核基因来探求这些祖传系的进化关系是非常必要的。

据悉,根据被子植物系统发育研究组系统,蔷薇I分支包括了COM分支、共生固氮支系的4个目(豆目、蔷薇目、葫芦目和壳斗目),以及蒺藜目。该项研究是王红主持的国家自然科学基金国际合作重大研究项目“被子植物花粉形态性状演化及其驱动因子”系列研究中的第6部分。该项目通过大尺度、大规模的取样和大数据源,利用分子系统学多种分析方法,系统开展被子植物花粉形态演化式样的研究,以厘清被子植物花粉多样性起源和演化问题,并进一步探讨主要的驱动因子。目前已发表系列文章6篇。

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孢粉形态学作为广义形态学的重要组成部分,是建立植物高等级分类阶元的一个重要依据。随着大量花粉形态数据的不断累积,以及分子系统学研究的快速发展,使得利用花粉形态性状重新审视被子植物各大分支及目和科的系统演化关系成为可能。

上述研究结果以Phylogenomic Analyses of Large-scale Nuclear Genes Provide New Insights into the Evolutionary Relationships within the Rosids 为题发表于进化生物学期刊Molecular Phylogenetics and Evolution。博士研究生赵磊为该论文第一作者。该研究得到国家重点基础研究发展计划(2014CB954100)和中科院昆明植物所重点部署项目(No. 2014KIB02)的资助。

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近日,中国科学院昆明植物研究所郭振华研究组、李德铢研究组、伊廷双研究组与复旦大学教授马红以及美国国立博物馆史密森研究院博士张宁合作,利用36个全基因组和27个转录组的核基因序列对蔷薇类的系统发育关系进行了深入研究。在63个物种中确定了891个单拷贝或低拷贝的直系同源基因,然后利用串联方法和溯祖方法(concatenation and coalescence methods)推断了系统发育关系。两种方法均获得了相似的拓扑,但蒺藜目的系统位置出现冲突。通过深入的分析,研究人员发现缺失数据(missing data)和基因树异质性(gene tree heterogeneity)可能是冲突的潜在原因,特别是两者都具有非常高的比率时,串联方法可能得到错误的拓扑结构。

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蔷薇类新的系统发育关系图

图3.豆类植物非固氮分支花粉形态性状演化式样。

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